Środowisko przyrodnicze Bagien Biebrzańskich zostało ukształtowane w wyniku współdziałania procesów naturalnych oraz działania człowieka. Człowiek oddziaływał na środowisko zarówno poprzez przekształcenia sieci hydrograficznej, jak i różne sposoby użytkowania zasobów przyrody (rolnictwo, pasterstwo, leśnictwo, etc.). Do ekosystemów uznawanych za cenne zalicza się nie tylko naturalne obszary lasów i torfowisk, lecz także otwarte przestrzenie łąkowe powstałe w wyniku ekstensywnego rolniczego użytkowania. Zaniechanie jakiejkolwiek ingerencji na tych obszarach może doprowadzić do zaniku prezentowanych przez nie wartości florystycznych i faunistycznych. Inaczej mówiąc, na większości obszarów BPN wymagana jest ochrona czynna.

Zasady i główne kierunki działań ochronnych ustalono biorąc pod uwagę podstawowy cel powołania BPN, jakim jest ochrona specyficznych, zanikających w Europie siedlisk bagienno-torfowych, ochrona rzadkich i ginących zbiorowisk roślinnych i gatunków zwierząt oraz walorów krajobrazowych, a także biotopów ważnych dla ochrony awifauny. 
 

Zadania ochronne